Tahun 2018 merupkan tahun pertama bagi MTs Negeri Purworejo melaksanakan UAMBK (Ujian Akhir Madrasah Berbasis Komputer) dan UNBK atau Ujian Nasional Berbasis Komputer secara mandiri atau tidak menginduk pada sekolah lain. Saat ini, MTs Negeri 3 memiliki 3 laboraturium komputer dengan 4 server dan 95 unit komputer. Pelaksanaan UNBK/UAMBK merupakan implementasi dari program KEMENDIKBUD yang sudah dicanangkan sejak 2015 lalu. Tujuan dari pelaksanan UNBK tentunya untuk meningkatkan kualitas pendidikan utamanya UAMBK , Ujian Nasional dan prestasi Madrasah.
Sebelum siswa melaksanakan UNBK/UAMBK terlebih dahulu siswa melakukan simulasi UAMBK dan UNBK dengan terjadwal. Simulasi UAMBK/UNBK merupakan latihan yang disetting seperti keadaan yang sebenarnya seperti sedang melaksanakan ujian, sehingga siswa tidak akan kaget saat benar-benar melaksanakan UAMBK/UNBK (Ich)